第３段階までで肥満度が減少してこない場合は入院治療を行います。 特に糖尿病、高血圧や脂肪肝などの合併症を持っている場合は肥満度の改善が急がれます。

入院治療は、厳格な食事療法と運動療法の実施のために行います。最近、食欲を無くする薬も発売されましたが、これは一般 の肥満治療にはまだあまり用いられていません。
　肥満の原因が、ただの食べ過ぎと運動不足だけではなく、ホルモンの病気などが考えられる場合も入院して原因を調べます。
　なお、重症の肥満でなくても、入院してやや少な目のカロリーの食事を2週間ほど続けてもらうと“胃袋が小さく”なるせいか、その後の食事療法がうまくいくこともあります。